医生艾丽西亚oshlack,生物信息

Dr Alicia Oshlack

生物信息

艾丽西亚oshlack出生于roleystone,珀斯在1975年oshlack距离Warrnambool大学毕业DUX在1993年,她随后又在从墨尔本大学完成科学学士(荣誉)(1994-98),主修物理。 oshlack维持在墨尔本大学的博士学位研究中,她完成了射电类星体的中心结构(1999- 2003年)的主题。博士oshlack天体物理学组继续在墨尔本大学,直到后来那年,当她使用的数学在天上看使用的数学看遗传学移动。她做的沃尔特和这个过渡伊丽莎厅院,她曾在生物信息学部门的研究人员(2003-07),然后高级研究员(2007-11)。博士oshlack从此搬到默多克儿童的墨尔本研究机构,她是生物信息学的头部研究小组。


博士塞西莉·奥克利在2011年接受采访。

内容


介绍

你好。我的名字是塞西莉·奥克利,我在这里学的欧洲杯外围去跟医生艾丽西亚oshlack她在科学生活。欢迎,艾丽西亚,并祝贺您 露丝·斯蒂芬斯加尼奖牌.

roleystone瓦南布尔

何时何地出生?

我是在珀斯叫roleystone,这是我离开的时候,我是10天的郊区出生于1975年。所以我不具备那么多的回忆。我走遍了很多作为一个孩子。

你的父母都参与了一个巡回马戏团?

漂亮多了。他们没有一个坚实的基础,当我还是个孩子,直到我大约8岁。我们搬到瓦南布尔维多利亚海岸。我花了我所有的学校教育在瓦南布尔,直到我上了大学。

当你第一次对科学感兴趣?

我总是那种对科学感兴趣,但我从来没有想过我会成为一名科学家。

是什么让你选择了在科学大学学位?

科学一直是我的强项。所以在学校里,我拍了很多科学的,特别是数学科目。我离开学校,不知道我想做的事作为一种职业。我想,“我会做一个普通的科学课程,然后也许这会给我时间来决定它是什么,我想以后追求的目标。”

你有你的高中DUX。这样做,来之不易或者是东西,你必须为努力工作?

很明显,你已经把工作。这是一个让我吃惊,我想出了最高分在我校。但它不是主要的奖项,学校给出了。他们被称为全才奖一个奖项,这在我的学校是最负盛名的一个。我刚刚得到了学术成果之一。我知道我会做的很好,但我很惊讶,我赢得了学业成就奖。是的,我努力工作,但我不会认为我会一直在学校最难的工作人员。

明亮的黑洞

然后你上了大学,你学习物理。在那里任何老师或启发你的榜样?

是的,有几个。设于与各种主题与一些讲师的一些良好的合作关系。一个尤其是我在天文学讲师,教授雷切尔韦伯斯特。她在我的本科学位是非常支持我,我继续做我的荣誉项目,我与她的博士。

为你的博士论文,你学的类星体。也许你应该向我们解释:什么是类星体?

命名为“类星体”是约称为“类星体”。 “恒星”的意思明星和“准”的手段,它看起来像一个明星,但它是不是一个真正的明星。星星看起来像在天空中的光非常小的点。这些都不是真正的明星。它们是星系的中心。但是,因为他们是如此遥远,他们只是看起来像光的一个小点。所以他们被称为类星体的物体或类星体。他们基本上是我们能在宇宙中看到的最亮的东西。所以他们是最遥远的事情,我们仍然可以从地球上看到的。

是你研究什么方面的类星体?

这使类星体看起来那么亮的事情是,他们在中间有一个大黑洞。这有被物质落到黑洞创造了大量的能源潜力。因为黑洞是非常,非常,非常沉重,他们吸引了大量的物质从周边地区。即开始下降在这个黑洞,然后就开始转动。旋转时,它会非常,非常,非常热,非常,非常,非常光明的。这是他们如何变得如此明亮,这就是我们如何能够从这些大的距离看到它们。

所以他们非常,非常光明的,尽管他们有这种 黑色 洞?

在中间,是的。它不是实际的黑洞本身灿烂。它是围绕着黑洞,但非常接近,这是从黑洞的引力得到了很多精力的事情。

你做了什么样的实验?

天文学家真正要做的是使用望远镜,看看这些对象多,因为他们可以。在天文学上,我们就是不看的光,就像我们可以用我们的眼睛看到的。我们期待在电磁波谱的其他区域。我们看一下是否有X射线或无线电波从这些对象或所有不同类型的辐射的到来。我们使用所有这些意见,试图建立的,我们如何看待这个对象的作品图片。

我的博士的部分是说,“我认为它是这样工作的。”再建一个计算机模拟,看看我是怎么想它的工作原理场比赛,我们正在用望远镜观察。如果两者匹配,那么就可以得出结论,计算机模拟是正确的。

所以你在做的那种理论物理方面的。是你,也使的意见?

是。我做了两者的结合,这是我很喜欢。我喜欢处理那些即将望远镜的出来,真的想通过使用计算技术,以了解该数据的真实数据。

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观星基因挖掘

你已经完成你的博士论文后,您就可以在天体物理学博士后继续,但你改变了生物信息学。这是场相当大的跳跃。这是怎么来的?

尽管天文学是一个非常有趣的领域,我一直都知道,它没有很充分抓住了我的兴趣。所以,当我来到我的博士结束,我四周寻找其他不同的领域。这些事情发生不可预知的方式。我遇到另一位博士生谁在生物信息学领域的工作 - 这是我以前从来没有听说过。她对我说,“我们有一个博士后位置,”我说,“可能有人用我的技能和经验做样的角色?”她说,“是的。我想你应该进来的采访。”所以我去面试,他们给了我这份工作。

我仍然很犹豫,因为我不知道很多有关在该阶段的生物信息学。他们给了我一个2年位置,这点我接受了,在非常著名的沃尔特和伊丽莎堂研究院。我想,“我给自己这两年,并在此时间之后,我会重新评估局势,看看这是否是一件我真正想做的事情。”这大概花了我大约一年,一年后,我想,“这是伟大的。我喜欢这个领域。”就好像生物学的这个全新的世界开辟了我。我从来没有碰到过生物学。我从来没有在高中或大学做生物学,但我发现,整个现场非常鼓舞人心的。绝对吸引我,这就是今天我在哪里。

生物信息学?芯片?和其他大的话

你一直在生物信息学领域有一段时间了。也许你能为我们解释一下它是什么。

它是包含生物学的计算,统计或数学描述一个字。它是利用生物数据和评估使用这些定量分析方法的生物数据。所以我觉得,我的角色真的是在数据的生成和理解生物学之间的接口。今天它可以产生大量的生物学数据有很多的技术。但我们真的希望 理解 生物学。我们想了解的疾病,我们想了解药品是如何工作的,我们想了解的演变,以及很多,很多生物学问题。但要做到这一点,我们需要能够使用这些数据大量。我在生物信息学的作用是用我的技能,以连接两个。所以我需要在数据和生物学之间的接口是站在。

在你的博士后,从天文学改为生物后,你在微阵列工作。也许你可以为我们芯片的工作原理以及什么样的数据,他们产生解释。

微阵列是用于测量基因表达的技术。在身体的每一个细胞你有你的DNA的拷贝。然而,不同的细胞在你的身体正在做不同的事情。让你的皮肤细胞是从你的眼部细胞,这是从你的心脏或肝脏细胞非常不同有很大不同。您不同的细胞已经得到了很多不同的功能,但它们都含有相同的DNA。那么究竟是什么细胞之间的区别?它是在DNA这些基因如何表达。它是基因如何运作。什么芯片可以做的是告诉你多少每个基因在任何特定时刻运行。微阵列将做到这一点不只是一个基因在同一时间,但所有的基因组同时进行的基因。有大约20,000个基因在人类基因组,因此可以看20,000种不同的基因全部一次,看看他们是如何运作得多。他们是如何“表达” - 这意味着什么基因的水平,在该单元格,在特定的时间。

你在任何一个时间看潜在的数千种不同的基因在细胞中的表达。你怎么又做所有这些信息的意义吗?

你必须为了看一个问题,你是真正有兴趣在非常仔细地设计一个实验。作为一个例子,你可能会说,“都是以同样的方式在一个正常的细胞基因的功能基因在癌细胞?”说你正在寻找肝癌 - 你想知道以同样的方式作为肝癌细胞肝细胞是否能正常工作。所以我们看一下在正常肝细胞的所有基因,我们比较他们在肝癌细胞的所有基因。我们用大量的统计技术,我们已经发展到看东西,我们感兴趣的表达水平的变化。基本上你必须在考虑到具体的问题来设计一个实验,能够再分析的所有数据有意义的方式。

男人VS猿

你被授予了2011年露丝·斯蒂芬斯从科学的欧洲杯外围加尼奖章人类遗传学的工作。专为寻找人类进化,你借我们比较猿。你可以跟我们讲了,你发现了什么是人类和黑猩猩之间的差异不大?

再次,我们在看的基因表达。我们已经做了一些不同的实验,但最初的人看在四种灵长类动物肝脏。这些都是人类,然后我们最亲密的进化相对的,这是一个黑猩猩。我们也用红毛猩猩和恒河猴,这是一个小猴子。我们想要做的是比较基因的表达水平,但我们不希望有在基因组中混淆我们的结果的差异。所以,第一次,我们能够看在基因表达的基因组差异独立的差异。

要做到这一点,与芝加哥大学的一些合作者,我们建立了一个自定义的芯片,我们在这个具体问题做了一个非常大的实验来看看。我们产生80个不同芯片的首次实验。我们看了很多个人的肝脏来自人类和其它三个品种。我们能够识别哪些是在自然选择进化的特定基因。那么我们就可以识别哪个基因在人类专门改变了基因和外观。即哪些基因有关专门人类相比,我们非常密切的进化亲属。

你为什么选择肝?

肝脏是非常均匀的组织。所有的肝细胞在肝脏的外观几乎完全一样,这样你就不会在肝脏等组织得到太多的污染。这可能是最主要的原因。虽然,在我们的下一个实验中,我们也曾考虑过其他组织,我们看到了心脏和肾脏为好。我们也看了一下血,因为这是最简单的事情,从其他灵长类动物的访问之一。这是很难得到来自灵长类的组织 - 从人。你不能只是去,并采取了肝脏。所以你必须等待很长的时间。你已经设定了与动物园合作,因此,如果其他无关的原因红毛猩猩模具,他们可以给你一些组织。它需要很长的时间来建立这些组织银行能够做这类实验。

你在人类和黑猩猩之间的表达式查找差异?你发现了什么使人类如此不同和特殊?

一两件事,我们发现,许多被选择性压力下或特定于人类参与代谢途径的基因。这意味着,这些基因参与从我们的食品制造能量。这是有道理的,因为我们正在寻找肝脏。这是与想法,很多我们人类适应的来自发生在我们的饮食,相对于其他灵长类物种的变化是一致的。人类食用熟食和其他灵长类动物没有。我们也消耗比其他灵长类动物多了很多肉。所以就出现了在我们的饮食显著的变化,因此,我们发现的基因显著的变化是控制我们如何使用这种食物。

所以我们的饮食正在推动我们的肝脏的演变和,我想,等消化器官?

是的,我想是这样。而这是有道理的,因为这些食物的选择压力。如果我们开始吃不同的食物,那么就不是给我们一个优势,能够消化呢?如果是这样的话,那才是我们真正的健康和发展的意思。

合作来解释数据的洪水

高通量测序是有点拗口。这是什么意思?

高通量测序是在告诉我们的DNA密码是什么的时间,一个人的基础。大家可以看一下,通过高通量测序的DNA序列。我们还可以看一下基因表达通过观察RNA。 RNA是非常相似的分子DNA。真的,这些高通量测序技术,只遇到有关在过去五年。所以这是一个非常令人兴奋的领域,它是革命性的人类遗传学,在我看来。

可用的数据现在是不可想象的,甚至五年前。例如,大约10年前,他们测序人类基因组,这是一个庞大的工程。实际上是两个人的基因组进行。一个是公共的努力,一个是私人的努力。私人努力是便宜得多。而且只花了3亿$。现在你可以测序人类基因组不到5000 $。变化是巨大的。原来人类基因组的公共工作了超过10年才能完成。现在只需一个星期左右。所以你可以看到这些数据,我们可以用这些新技术产生的量以指数速度移动。我们的基因组的认识也正到了前所未有的水平。

你提到你的合作者较早的企业之一。你还合作吗?你有没有其他人,你在你的实验工作?

我有很多的合作。在生物信息学,因为我们坐在这两个领域的接口,是我们一切工作的协作。我做了至少六个不同的项目,我的合作者在芝加哥大学,约阿夫·吉拉德。我们目前没有工作的任何东西,但我们还是很要好的朋友。我们跟上什么我们每个人在做什么。我有一些更多的本地合作做的非常不同的工作 - 医学研究等项目。

你想对这些医疗应用进行评论?

与医疗应用项目的一个例子是癫痫的一种特定类型的工作。如果你得到它,这是非常罕见的,但一种可怕的疾病。与其他一些生物信息学家和一些癫痫专家合作,我们能够隔离一对夫妇的家庭应该得到这个特定类型的癫痫。使用这些家庭,我们能够找出导致癫痫病的特异性基因。

这是非常令人兴奋的工作。

它是。

改变孩子们的挑战

在面试之前,你告诉我,你最近换了工作。你又变领域?你移动到化学呢?

没有。我仍然在生物信息学。我刚刚建立自己的实验室,在不同的研究机构。现在我在默多克儿童研究所,这是皇家儿童医院内工作。所以我想我的工作中的应用将是更多的关于儿童健康比它以前是。但是,是的,这对我来说是一个非常令人兴奋的变化。

你在哪里看到自己在10年的时间?

我一定会仍然是在同一领域。我不打算离开过生物信息学!我喜欢它。我计划在默多克,至少在未来五年。但我也开到哪里的东西带我走。我不认为我们可以规划过于超前于我们的生活,因为你永远不知道什么样的机会要来了。

你有什么利益外科学的?

是的,我有很多爱好,但我想学我的主要职业之外是我的家人。我有两个年幼的孩子,四个和1.5,一个男孩和一个女孩的年龄。我的很多时间都花在与他们玩,娱乐他们,带他们四处参观他们的朋友和诸如此类的事情。他们是一个很大的乐趣。我做我的丈夫。

你如何管理来平衡你的工作和你的家人?

我认为这是最棘手的事情,我不得不处理为止。有年幼子女和有我的事业之间的平衡。他们真的正好在同一时间。这是一个微妙的平衡,但绝对不是不可能的事情。它需要的努力,它有时是棘手的。但它是非常有益的两条战线上。

这是很好听,这是可能的。

是。我认为,人们需要听到这个消息。我认为,人们需要听到这绝对是可能的,因为它是很多人非常可怕的前景。科学界的很多女性认为,“我是曾经打算如何让我的职业生涯,如果我想有孩子,我希望有一个强有力的家庭生活吗?”但绝对是可能的。

你认为是妇女与科学的重大挑战之一?

我做。我认为这是 主要的挑战。还有其他的挑战,但我认为很多那些正在与来了关于支持妇女在做科学非常好的举措解决。但是,我个人认为,有孩子和具有科学的职业生涯中最困难的事情到地址。

最后,你觉得什么样的技能,你今天在科学需要什么?

我认为你需要的技能广度。我认为科学是越来越多学科的,你需要的能力进行合作。你需要像与其他人一起工作。科学不再是一种职业,你可以把自己锁在离开你的房间,做你的小实验,并与一些好的结果出来。这些日子里,你必须要能够在一个团队中工作,与人合作,并有兴趣在科学的不同领域。如果你可以把不同的知识一起,我想你在科学做好。

非常感谢您同意参与了访谈节目。这是说给你的喜悦。

谢谢。

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